Video: Kas ir BAM indeksa fails?
2024 Autors: Lynn Donovan | [email protected]. Pēdējoreiz modificēts: 2023-12-15 23:50
A BAM fails (. bam ) ir SAM binārā versija failu . SAM failu (. sam) ir ar tabulēšanu atdalīts teksts failu kas satur secības izlīdzināšanas datus. Indeksēšana : IGV pieprasa, lai gan SAM, gan BAM faili jākārto pēc pozīcijas un indeksēti , un ka indeksa faili ievērot īpašu nosaukumu piešķiršanas principu.
Tāpat cilvēki jautā, kā atvērt BAM failu?
No Fails izvēlieties izvēlni Atvērt un atlasiet BAM faili no kreisās puses. Labajā pusē atlasiet pogu, kas saka Pievienot a BAM fails . Dodieties uz BAM Pārbaude Faili lejupielādēto mapi atlasiet with_index_with_graph. Klikšķis Atvērt , atlasiet karti.
Otrkārt, kā BAM failu konvertēt uz Fastq? Tālāk ir norādītas darbības, lai pārveidotu BAM failu FASTQ formātā. Tas darbosies operētājsistēmā Linux, un tam būs nepieciešami SAMTOOLS un BEDTOOLS
- Lejupielādēt SAMTOOLS.
- Ekstrakts, izmantojot komandu tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Tas izveidos mapi ar nosaukumu samtools-version.
- Pārvietojieties uz direktoriju cd samtools-version.
Tāpat kā BAM failu konvertēt par SAM failu?
Uz konvertēt SAM uz BAM , mēs izmantojam samtools view komandu. Mums ir jānorāda, ka mūsu ievade ir ievadīta SAM formāts (pēc noklusējuma tas sagaida BAM ), izmantojot opciju -S. Mums arī jāsaka, ka mēs vēlamies, lai rezultāts būtu BAM (pēc noklusējuma tas rada BAM ) ar opciju -b.
Ko dara Samtools skats?
Samtools ir utilītu kopa, kas manipulē ar izlīdzināšanu BAM formātā. Tas importē un eksportē uz SAM (Sequence Alignment/Map) formātu, dara šķirošanu, sapludināšanu un indeksēšanu, kā arī ļauj ātri izgūt nolasījumus jebkurā reģionā. Samtools ir paredzēts darbam straumē.
Ieteicams:
Vai TIFF fails ir vektora fails?
TIF - (vai TIFF) ir tagged Image File Format un ir liels rastra fails. TIF fails galvenokārt tiek izmantots attēliem drukāšanā, jo fails nezaudē informāciju vai kvalitāti, piemēram, JPEG. Tas ir uz vektoriem balstīts fails, kas var saturēt tekstu, kā arī grafiku un ilustrācijas
Kas ir indeksa ātrā pilna skenēšana?
Ātra pilna indeksa skenēšana ir alternatīva pilnai tabulas pārbaudei, ja rādītājā ir visas vaicājumam nepieciešamās kolonnas un vismaz viena kolonna. indeksa atslēgai ir NOT NULL ierobežojums. Ātra pilna skenēšana piekļūst datiem pašā rādītājā, nepiekļūstot tabulai
Kas ir darījumu fails un galvenais fails?
Definīcija: darījuma fails. darījuma fails. Darījumu ierakstu kolekcija. Datu transakciju faili tiek izmantoti, lai atjauninātu galvenos failus, kas satur datus par organizācijas subjektiem (klientiem, darbiniekiem, pārdevējiem utt.)
Kas ir indeksa funkciju tabula?
Funkcija INDEX() atgriež pašreizējās rindas indeksu nodalījumā bez kārtošanas attiecībā uz vērtību. Kad INDEX() tiek aprēķināts Datuma nodalījumā, katras rindas indekss ir 1, 2, 3, 4… utt., tāpēc apskatīsim piemēru Tableau, lai jūs tiešām redzētu, ko tas nozīmē
Kas ir indekss un indeksa izveide SQL?
SQL CREATE INDEX paziņojums. CREATE INDEX priekšraksts tiek izmantots, lai tabulās izveidotu indeksus. Indeksi tiek izmantoti, lai ātrāk izgūtu datus no datu bāzes. Piezīme. Tabulas atjaunināšana ar indeksiem aizņem vairāk laika nekā tabulas atjaunināšana bez tās (jo arī indeksiem ir jāatjaunina)